Sequeziamento acque reflue. Sottovarianti dominanti: ad Alessandria Omicron BA.5, a Torino e Novara Omicron BE.1.1 e a Cuneo BQ.1

9 dicembre 2022

Nella 48° settimana del 2022, relativa ai campionamenti del 28 novembre scorso, si ha la dominanza della sottovariante di Omicron BA.5 (Clade 22B) solo nel depuratore di Alessandria.

Per quanto riguarda il depuratore di Castiglione Torinese e Novara, la variante dominante risulta essere la sottovariante di Omicron BE.1.1 (BA.5.3.1.1.1). Per questi due depuratori, dall’analisi bioinformatica emerge che sono presenti anche altre mutazioni con alta frequenza appartenenti alle sottovarianti di Omicron discendenti di BA.5.3 (BA.5.3.n.). Nel depuratore di Cuneo, la variante dominante è BQ.1 (BA.5.3.1.1.1.1.1) (Clade 22E) e, dall’analisi bioinformatica, emerge che sono presenti anche altre mutazioni con alta frequenza appartenenti a sottovarianti discendenti di BQ.1.

In merito alla sottovariante Omicron BA.5, sono state osservate mutazioni specifiche con frequenza in aumento condivise tra le sottovarianti di BA.5.3.1.1.1.1.1 (BQ.1 (Clade 22E)) e le sue discendenti BQ.1.n in tutti i depuratori, inoltre, nel dettaglio si riscontrano le seguenti sottovarianti:

nel depuratore di Castiglione Torinese si osserva la presenza di mutazioni condivise tra le sottovarianti BA.5.2.1.30 (BF.30);
nel depuratore di Alessandria sono state osservate mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alle sottovarianti BA.5.2.1.7.10 (BF.7.10), BA.5.2.1.30 (BF.30), BA.5.3.1.1.1.1.1.13 (BQ.1.13), BA.5.3.1.1.1.1.1.15 (BQ.1.15), mutazioni in aumento condivise tra le sottovarianti BA.5.1.10 (BK) e BK.1 e mutazioni con frequenza in aumento appartenenti alla sottovariante BA.5.1.5;
nel depuratore di Novara si rileva la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alle sottovarianti BA.5.3.1.1.1.1.1.15 (BQ.1.15); inoltre, si riscontra la presenza di mutazioni condivise tra le sottovarianti BA.5.2.1.11 (BF.11), BF.11.1, BF.11.2, BF.11.3, BF.11.4 e BF.11.5;
nel depuratore di Cuneo si osservano mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza per le sottovarianti BA.5.2.1.30 (BF.30) e BA.5.3.1.1 (BE.1).

In merito alle sottovarianti di Omicron BA.4 e Omicron BA.2, sono state osservate mutazioni specifiche a bassa frequenza, rispettivamente, appartenenti alla sottovariante di BA.4.1.4 nel depuratore di Novara e condivise tra le sottovarianti di BA.2.3.20 e le sue discendenti CM.n nei depuratori di Castiglione Torinese, Cuneo e Novara.

Inoltre, si rilevano mutazioni specifiche e univoche appartenenti alle seguenti sottovarianti:

BA.2.50 con frequenza in aumento nel depuratore di Castiglione Torinese;
BA.2.50 con frequenza in aumento e BA.2.51 nel depuratore di Cuneo;
BA.2.57 nel depuratore di Novara;
BA.2.9.4 nel depuratore di Alessandria.

In quanto alle sottovarianti ricombinanti, è stata rilevata la presenza di mutazioni univoche e specifiche con bassa frequenza appartenenti alla sottovariante XBB (ricombinante tra BJ.1 e BM.1.1.1) nel depuratore di Novara.

Non si osservano mutazioni specifiche per le sottovarianti Omicron BA.1, BA.3, BA.2.75 (CLADE 22D), BA.2.12.1 e BG (Clade 22C).