Sequenziamento acque reflue: sottovarianti Omicron BA.5 e BA5.2 continuano a essere dominanti

18 ottobre 2022

Nella 41° settimana del 2022, relativa ai campionamenti del 10 ottobre scorso, si ha la dominanza della sottovariante di Omicron BA.5 (Clade 22B) nei depuratori di Castiglione Torinese. Per quanto riguarda i depuratori di Alessandria, Cuneo e Novara, la variante dominante risulta essere la sottovariante di Omicron BA.5.2.

In merito alla sottovariante Omicron BA.5, si riscontrano mutazioni univoche e specifiche appartenenti ad essa ed alle sue sottovarianti e sotto-sotto varianti BA.5.2.1 (BF), BA.5.3.1 (BE), BE.1.1.1 (BQ), BE.1.1.2 (CC), BA.5.3.1.1.1 (BE.1.1) BA.5.6.2 (BW), in tutti i depuratori con frequenze differenti.

Inoltre, a livello dei singoli depuratori si riscontrano le seguenti sottovarianti di BA.5:

-nel depuratore di Castiglione Torinese si osserva la presenza di mutazioni specifiche e univoche con bassa frequenza appartenenti alle sottovarianti BA.5.2.1.7 (BF.7), BA.5.2.1.14 (BF.14), BA.5.2.6, BA.5.2.20.1 (BV.1), BA.5.3.1.1 (BE.1), BA.5.3.1.1.1 (BE.1.1), BE.1.1.2.1 (CC.1);

- nel depuratore di Cuneo si osservano mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza per le sottovarianti BA.5.1.5, BA.5.2.1, BA.5.2.3.1 (BZ.1), BA.5.5.1;

- nel depuratore di Novara si rileva la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alle sottovarianti BA.5.1.3, BA.5.1.14, BA.5.1.5, BA.5.2.1.4 (BF.4), BA.5.2.1.15 (BF.15), BA.5.2.31.2 (CD.2), BA.5.3.1.1 (BE.1);

- nel depuratore di Alessandria sono state osservate mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alle sottovarianti BA.5.1.12, BA.5.1.14, BA.5.2.1.4 (BF.4), BA.5.2.1.5 (BF.5), BA.5.3.1.1 (BE.1), BA.5.9.

Mutazioni della sottovariante di Omicron BA.4 e sue sottovarianti (Clade 22A) sono presenti in tutti i depuratori.

Nel dettaglio:

- nel depuratore di Alessandria sono state osservate mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alle sottovarianti BA.4.1, BA.4.6;

- nel depuratore di Castiglione Torinese e Cuneo si rileva la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alla sottovariante BA.4.6;

- nel depuratore di Novara si rileva la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alla sottovariante B.A.4.1.2

Mutazioni con bassa frequenza della sottovariante di Omicron BA.2.75 (Clade 22D) sono state identificate in tutti i depuratori, in particolare mutazioni specifiche e univoche con bassa frequenza appartenenti alle sottovarianti BA.2.75.3.2 (BM.2) nel depuratore di Castiglione Torinese, BA.2.75.1.1.1 (BL.1.1), BA.2.75.2.1 (CA.1) nel depuratore di Novara, BA.2.75.3.4 (BM.1), BA.2.75.4.1 (BR.1) nel depuratore di Alessandria.

Inoltre, nel depuratore di Cuneo sono state identificate mutazioni con bassa frequenza della sottovariante di Omicron BA.2.2.1 e nel depuratore di Novara mutazioni specifiche e univoche con bassa frequenza appartenenti alle sottovarianti BA.2.3.1, BA.2.3.16.1 (BP.1), BA.2.29.

In quanto alle sottovarianti ricombinanti, non si osservano mutazioni specifiche per le sottovarianti Omicron BA.3, BA.2.12.1 e BG (Clade 22C), ma è stata rilevata la presenza di mutazioni univoche e specifiche con bassa frequenza appartenenti alle seguenti:

XAC (ricombinante tra BA.2, BA.1 e BA.2) nel depuratore di Castiglione Torinese;
XF (ricombinante tra B.1.617.2 e BA.1) e XBC (ricombinante tra BA.2, B.1.617.2, BA.2 e B.1.617.2) nel depuratore di Cuneo;
XAB (ricombinante tra BA.1 e BA.2), XL (ricombinante tra BA.1 e BA.2), XY (ricombinante tra BA.1 e BA.2), XR (ricombinante tra BA.1.1 e BA.2) e XAC (ricombinante tra BA.2, BA.1 e BA.2) nel depuratore di Novara;
XQ (ricombinante tra BA.1.1 e BA.2), XAR (ricombinante tra BA.1 e BA.2), XAF (ricombinante tra BA.1 e BA.2) e XF (ricombinante tra B.1.617.2 e BA.1) nel depuratore di Alessandria.