Sequenziamento acque reflue: Omicron BQ.1.1 è la variante dominante ad Alessandria, Torino e Cuneo, BE.1.1 a Novara
Nella 52esima settimana del 2022, relativa ai campionamenti del 27 dicembre scorso, si ha la dominanza della sottovariante di Omicron BQ.1.1 (BA.5.3.1.1.1.1.1.1) (Clade 22E) nei depuratori di Alessandria, Castiglione Torinese e Cuneo, mentre nel depuratore di Novara la variante dominante è BE.1.1 (BA.5.3.1.1.1) (Clade 22B).
In merito alla sottovariante Omicron BA.5, sono state osservate mutazioni a bassa frequenza specifiche per le seguenti sottovarianti:
- nel depuratore di Castiglione Torinese BQ.1.1.18 (BA.5.3.1.1.1.1.1.1.18), inoltre mutazioni condivise tra le sottovarianti BF.7.4 (BA.5.2.1.7.4), BF.7.4.1 e BF.7.4.2 e mutazioni condivise tra le sottovarianti BE.4 (BA.5.3.1.4) e BE.8;
- nel depuratore di Alessandria, CP.2 (BA.5.2.6.2), CT.1 (BA.5.2.36.1), BQ.1.28 (BA.5.3.1.1.1.1.1.28), BQ.1.1.1 (BA.5.3.1.1.1.1.1.1.1) e BQ.1.1.12 (BA.5.3.1.1.1.1.1.1.12);
- nel depuratore di Novara, BA.5.1.7, BA.5.1.14, BQ.1.23 (BA.5.3.1.1.1.1.1.23);
- nel depuratore di Cuneo CE (BA.5.2.33), BE.1 (BA.5.3.1.1), BQ.1.6 (BA.5.3.1.1.1.1.1.6), BQ.1.1.1 (BA.5.3.1.1.1.1.1.1.1), inoltre mutazioni condivise tra le sottovarianti BQ.1 (BA.5.3.1.1.1.1.1) e BQ.1.16 (BA.5.3.1.1.1.1.1.6) e mutazioni condivise tra le sottovarianti BQ.1.1.1 e CZ.1 (BQ.1.1.1.1).
In merito alla sottovariante di Omicron BA.2, sono state osservate mutazioni specifiche a bassa frequenza per le sottovarianti:
- BA.2.50 e mutazioni condivise tra le sottovarianti BA.2.75, BN.1.3 (BA.2.75.5.1.3), BN.1.3.1 nel depuratore di Castiglione Torinese;
- BA.2.50, BN.1.3.1 (BA.2.75.5.1.3.1), CJ.1 (BA.2.75.3.1.1.1.1) e mutazioni condivise tra le sottovarianti BM.4.1 (BA.2.75.3.4.1), CH.1.1 (BM.4.1.1) e CH.1.1.1 nel depuratore di Cuneo;
- mutazioni condivise tra le sottovarianti BM.4.1 (BA.2.75.3.4.1), CH (BM.4.1.1), CH.1, CH.1.1, CH.1.1.1 e CH.1.1.2 e mutazioni condivise tra le sottovarianti BA.2.75, BN.1.2 (BA.2.75.5.1.2), BN.1.2.1, BN.1.7 e BN.1.9 nel depuratore di Novara;
- CJ.1 (BA.2.75.3.1.1.1.1) nel depuratore di Alessandria.
Per quanto riguarda le sottovarianti ricombinanti si osserva - nel depuratore di Alessandria la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alla sottovariante XBF (ricombinante tra BA.5.2.3 e CJ.1 (BA.2.75.3.1.1.1.1)) e XBC.1 (ricombinante tra BA.2, B.1.617.2, BA.2 e B.1.617.2);
Non si osservano mutazioni specifiche ed univoche per le sottovarianti Omicron BA.1, BA.3 e BA.4.