Sequenziamento acque reflue: nelle prime due settimane del 2023 diverse sottovarianti Omicron in Piemonte

27 gennaio 2023

Nella prima e seconda settimana del 2023, relativa ai campionamenti del 3 e 10 gennaio scorsi, si hanno diverse dominanze a seconda dei depuratori:
- nella prima settimana del 2023, si ha la dominanza della sottovariante di Omicron BQ.1.19 (BA.5.3.1.1.1.1.1.19) (Clade 22E) nei depuratori di Alessandria, Castiglione Torinese e Cuneo; nel depuratore di Novara, la variante dominante è BA.5 (Clade 22B);
- nella seconda settimana si ha la dominanza della sottovariante di Omicron BQ.1.19 (BA.5.3.1.1.1.1.1.19) (Clade 22E) nei depuratori di Alessandria e Cuneo. Nel depuratore di Castiglione Torinese, la variante dominante è BE.1 (BA.5.3.1.1) (Clade 22B), nel depuratore di Novara la variante dominante è BA.2 (Clade 21L).

Nel dettaglio.

Nella prima settimana in merito alla sottovariante di Omicron BA.5 si osserva nel depuratore di:

- Castiglione Torinese, la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alle sottovarianti BT.1 (BA.5.1.21.1) e BQ.1.1.18 (BA.5.3.1.1.1.1.1.1.18), mutazioni condivise tra le sottovarianti BQ.1.10 (BA.5.3.1.1.1.1.1.10) e BQ.1.10.1 (BA.5.3.1.1.1.1.1.10.1);

- Cuneo, la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza per le sottovarianti CL.1 (BA.5.1.29.1), DK.1 (BA.5.3.1.1.1.1.1.1.7.1) e BQ.1.1.18 (BA.5.3.1.1.1.1.1.1.18) e mutazioni condivise tra: le sottovarianti CL (BA.5.1.29) e CL.1 (BA.5.1.29.1) e le sottovarianti BQ.1 (BA.5.3.1.1.1.1.1) e BQ.1.15 (BA.5.3.1.1.1.1.1.15);

- Novara, la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alle sottovarianti BA.5.1.7, BA.5.1.31, BQ.2 (BA.5.3.1.1.1.1.2) e BQ.1.1.18 (BA.5.3.1.1.1.1.1.1.18);

- Alessandria, la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alle sottovarianti BA.5.2.39, CP.6 (BA.5.2.6.2), BE.4.1.1 (BA.5.3.1.4.1.1) e BW.1 (BA.5.6.2.1).

In merito alla sottovariante di Omicron BA.4 si osserva nel depuratore di Alessandria, la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alla sottovariante BA.4.6.1

Per quanto riguarda la sottovariante di Omicron BA.2 si osserva nel depuratore di:

- Castiglione Torinese, la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alla sottovariante BA.2.50, BN.1.5 (BA.2.75.5.1.5) e mutazioni condivise tra le sottovarianti BA.2.75, BN.1.3 (BA.2.75.5.1.3), BN.1.3.1;

- Cuneo, la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alle sottovarianti BA.2.50, CJ.1 (BA.2.75.3.1.1.1.1) e mutazioni condivise tra le sottovarianti CA.1 (BA.2.75.2.1), BM.4.1 (BA.2.75.3.4.1), BM.4.1.1, CH.1 (BM.4.1), CH.1.1, CH.1.1.1 e CH.1.1.2;

- Novara la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alle sottovarianti BA.2.62, CA.2 (BA.2.75.2.2), BN.1.7 (BA.2.75.5.1.7) e mutazioni condivise tra: le sottovarianti BN.1.2.1 e BN.1.7 e le sottovarianti CA.1 (BA.2.75.2.1),BM.4.1 (BA.2.75.3.4.1), BM.4.1.1, CH.1 (BM.4.1), CH.1.1, CH.1.1.1 e CH.1.1.2;

-- Alessandria la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alla sottovariante BM.5 (BA.2.75.3.5) e mutazioni condivise tra le sottovarianti BN.1.2.1 e BN.1.7.

Per quanto riguarda le sottovarianti ricombinanti si osserva nel depuratore di:

- Alessandria, la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alla sottovariante XBF (ricombinante tra BA.5.2.3 e CJ.1 (BA.2.75.3.1.1.1.1));

- Cuneo, la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alla sottovariante XBF (ricombinante tra BA.5.2.3 e CJ.1 (BA.2.75.3.1.1.1.1));

- Novara, la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alle sottovarianti XBB.1.5cosiddetta Kraken e XBB.2 (XBB è ricombinante tra BJ.1 (BA.2.10.1.1) e BM.1.1.1 (BA.2.75.3.1.1.1));

- Castiglione Torinese, la presenza di mutazioni condivise tra le sottovarianti ricombinanti XBB e XBB.1 (XBB è ricombinante tra BJ.1 (BA.2.10.1.1) e BM.1.1.1 (BA.2.75.3.1.1.1)).

Non si sono osservate mutazioni specifiche ed univoche per le sottovarianti Omicron BA.1 e BA.3

Per la seconda settimana per la sottovariante di Omicron BA.5 si osserva nel depuratore di:

- Castiglione Torinese, la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alla sottovariante BQ.1.1.18 (BA.5.3.1.1.1.1.1.1.18) e DE.2 (BA.5.1.23.2);

- Cuneo, la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza per le sottovarianti BQ.1.6 (BA.5.3.1.1.1.1.1.6), BQ.1.1.1 (BA.5.3.1.1.1.1.1.1.1) e DK.1 (BA.5.3.1.1.1.1.1.1.7.1);

- Novara, la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alle sottovarianti BF.11.2 (BA.5.2.1.11.2), BF.7.13.2 (BA.5.2.1.7.13.2), BQ.1.15 (BA.5.3.1.1.1.1.1.15), BQ.1.18 (BA.5.3.1.1.1.1.1.18) e BQ.1.1.23 (BA.5.3.1.1.1.1.1.1.23);

- Alessandria, la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alle sottovarianti CP.6 (BA.5.2.6.6), BQ.1 (BA.5.6.2), BF.7.9 (BA.5.2.1.7.9), BQ.1.1.28 (BA.5.3.1.1.1.1.1.1.28), BQ.1.13 (BA.5.3.1.1.1.1.1.13) e BQ.1.1.22 (BA.5.3.1.1.1.1.1.1.22) e mutazioni condivise tra le sottovarianti BQ.1.2 (BA.5.3.1.1.1.1.1.2) e BQ.1.19 (BA.5.3.1.1.1.1.1.19).

Per quanto riguarda la sottovariante di Omicron BA.2 si osserva nel depuratore di:

- Castiglione Torinese, la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alle sottovarianti BA.2.50 e BM.5 (BA.2.75.3.5) e mutazioni condivise tra le sottovarianti CH, CH.1 e CH.1.1;

- Cuneo, la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alla sottovariante CJ.1 (BA.2.75.3.1.1.1.1);

- Novara, la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alle sottovarianti BA.2.20, CA.2 (BA.2.75.2.2) e BN.1.7 e mutazioni condivise tra le sottovarianti BA.2.75, BN.1.3 (BA.2.75.5.1.3) e BN.1.3.1; le sottovarianti CH, CH.1 e CH.1.1; e le sottovarianti CA.1 (BA.2.75.2.1), BM.4.1 (BA.2.75.3.4.1), BM.4.1.1, CH.1 (BM.4.1), CH.1.1, CH.1.1.1 e CH.1.1.2 con frequenza in aumento;

- Alessandria la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alle sottovarianti BA.2.12.2 e BA.2.38.1.

Per quanto riguarda le sottovarianti ricombinanti si osserva nel depuratore di:

- Alessandria, la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alle sottovarianti XAN (ricombinante tra BA.2 e BA.5.1), XBB.1.5 cosiddetta Kraken ricombinante tra BJ.1 (BA.2.10.1.1) e BM.1.1.1 (BA.2.75.3.1.1.1^[+] e mutazioni condivise tra: le sottovarianti ricombinanti XBB.4 e XBB.5; le sottovarianti ricombinanti XBB e XBB.1;

- Torino, la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alle sottovarianti ricombinanti XBF (ricombinante tra BA.5.2.3 e CJ.1(BA.2.75.3.1.1.1.1)), XBB.1.5 cosiddetta Kraken (XBB è ricombinante tra BJ.1 (BA.2.10.1.1) e BM.1.1.1 (BA.2.75.3.1.1.1)) e mutazioni condivise tra le sottovarianti ricombinanti XBB e XBB.1;

- Cuneo, la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alla sottovariante ricombinante XAY (ricombinante tra AY.45 e BA.4/5*);

- Novara, la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con frequenza in aumento appartenenti alle sottovarianti ricombinanti XBB.1.5 cosiddetta Kraken (XBB è ricombinante tra BJ.1 (BA.2.10.1.1) e BM.1.1.1 (BA.2.75.3.1.1.1)) e mutazioni condivise tra le sottovarianti ricombinanti XBB e XBB.1.

Non si osservano mutazioni specifiche ed univoche per le sottovarianti Omicron BA.1, BA.3 e BA.4.