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Sequenziamento acque reflue: le varianti dominanti a luglio 2023 nei depuratori del Piemonte

16 agosto 2023

Nella 27° settimana del 2023 relativa ai campionamenti del 3 luglio, per il depuratore di Alessandria la variante dominante è XBB (Gryphon- Clade 22F); per il depuratore di Novara la variante dominante è XBB.1.5 (Kraken- Clade 23A); per il depuratore di Castiglione Torinese e di Cuneo l’analisi bioinformatica ha evidenziato un conflitto per l’assegnazione della variante dominante: per Castiglione torinese il conflitto è tra le sottovarianti XBB.1.22 (Bellatrix) e XBB.1.5 e per il depuratore di Cuneo tra le sottovarianti XBB.1 (Hyppogryphon), XBB.1.22, XBB.1.5, XBB.1.9.1.

Nella 28° settimana del 2023 relativa ai campionamenti del 10 luglio, per il depuratore di Alessandria la variante dominante è EG.1; per il depuratore di Castiglione Torinese, Cuneo e Novara l’analisi bioinformatica ha evidenziato un conflitto per l’assegnazione della variante dominante: per Castiglione torinese il conflitto è tra le sottovarianti XBB.1.22 e XBB.1.5, per il depuratore di Novara tra XBB.1, XBB.1.5 e XBB.1.5.59 e per il depuratore di Cuneo tra le sottovarianti XBB.1.22, XBB.1.5, XBB.1.9.1.

Nella 29° settimana del 2023 relativa ai campionamenti del 17 luglio, per il depuratore di Alessandria e Novara la variante dominante è XBB.1.16 (Arcturus- Clade 23B), per il depuratore di Castiglione Torinese è XBB.1.9.1; per il depuratore di Cuneo l’analisi bioinformatica ha evidenziato un conflitto per l’assegnazione della variante dominante tra le sottovarianti XBB.1.5 e XBB.1.9.1.

Nella 30° settimana del 2023 relativa ai campionamenti del 24 luglio, per il depuratore di Alessandria la variante dominante è XBB.1.9.2, per il depuratore di Castiglione Torinese e di Novara è XBB.1.22 (Bellatrix), per il depuratore di Cuneo l’analisi bioinformatica ha evidenziato un conflitto per l’assegnazione della variante dominante tra le sottovarianti EG.5, EG.5.1 (Eris-Clade 23F), XBB.1.5, XBB.1.5.24 e XBB.1.9.2.

EG.5 (XBB.1.9.2.5) e le sue sottovarianti sono state inserite nella lista della “Variants Under Monitoring (VUMs)” del WHO il 19.07.2023 e riclassificate come “Variants Under Interest (VOIs) il 09.08.2023.

Le tabelle di dettaglio delle sottovarianti di Omicron ritrovate nei depuratori per ciascun depuratore

Il grafico mostra nel dettaglio l’alternanza delle sottovarianti dominanti di SARS-CoV-2 identificate in Piemonte a partire dalla settimana 49 del 2021 con cadenza settimanale per i quattro depuratori analizzati. Per ogni settimana, alla dominanza di ciascun depuratore è stato associato il valore di ¼, che ha permesso di monitorare la variazione della dominanza complessiva nella regione Piemonte.

graph dominant variants ws 27 28 29 30.2023

 

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