Sequenziamento acque reflue: le sottovarianti Omicron BA.5 e BA.5.2 dominanti

Nella 38° settimana del 2022, relativa ai campionamenti del 19 settembre scorso, continua ad essere dominante la sottovariante di Omicron BA.5 (Clade 22B) nei depuratori di Castiglione Torinese, Cuneo e Novara, mentre, per quanto riguarda il depuratore di Alessandria la variante dominante risulta essere la sottovariante di Omicron BA.5.2.

In merito alla sottovariante Omicron BA.5, si riscontrano mutazioni univoche e specifiche in tutti i depuratori con frequenze differenti.  In dettaglio, nei quattro depuratori monitorati si osserva:

- a Castiglione Torinese, la presenza di mutazioni specifiche e univoche a bassa frequenza appartenenti alle sottovarianti BA.5.2, BA.5.2.1 (BF), BA.5.2.1.2 (BF.2), BA.5.2.1.4 (BF.4), BA.5.2.1.5 (BF.5), BA.5.2.1.7 (BF.7) e BA.5.3.1.1.1 (BE.1.1);
- a Cuneo, mutazioni specifiche ed univoche a bassa frequenza per le sottovarianti BA.5.1.5, BA.5.1.8, BA.5.2.1 (BF), BA.5.6 e BA.5.3.1.1.1 (BE.1.1);  
- a Novara, la presenza di mutazioni specifiche ed univoche a bassa frequenza appartenenti alle sottovarianti BA.5.1, BA.5.1.5, BA.5.1.6, BA.5.2, BA.5.2.1.5 (BF.5) e BA.5.3.1.1.1 (BE.1.1);
- ad Alessandria mutazioni specifiche ed univoche a bassa frequenza appartenenti alle sottovarianti BA.5.2, BA.5.2.1 (BF), BA.5.2.1.5 (BF.5) e BA.5.2.1.10 (BF.10).
 

Per quanto riguarda le mutazioni della sottovariante di Omicron BA.4 e delle sue sottovarianti (Clade 22A), se ne continua a rilevare la presenza nei depuratori di Alessandria, Castiglione Torinese, Cuneo e Novara.  In dettaglio, sono state osservate:

- a Castiglione Torinese, mutazioni specifiche ed univoche a bassa frequenza appartenenti alla sottovariante BA.4.6;
- a Cuneo, mutazioni specifiche ed univoche a bassa frequenza appartenenti alla sottovariante BA.4.2;
- a Novara, mutazioni specifiche ed univoche a bassa frequenza appartenenti alla sottovariante BA.4.1.8;
- ad Alessandria, mutazioni specifiche ed univoche a bassa frequenza appartenenti alla sottovariante BA.4.1.2.

Inoltre, si sono osservate mutazioni specifiche e univoche a bassa frequenza della sottovariante di Omicron BA.2.78 nelle acque del depuratore di Alessandria, una mutazione univoca e specifica a bassa frequenza appartenente alla sottovariante BA.2.12.1.1 (BG.1) nel depuratore di Novara e una mutazione univoca e specifica a bassa frequenza appartenente alla sottovariante BA.2.12.1.2 (BG.2) nelle acque del depuratore di Alessandria.

Si sono osservate infine mutazioni univoche e specifiche a bassa frequenza appartenenti alla sottovariante ricombinante XAC (ricombinante delle porzioni genomiche posizionate nel seguente ordine: BA.2, BA.1 e BA.2) nel depuratore di Castiglione Torinese e alla sottovariante ricombinante XAF (ricombinante tra BA.1 e BA.2) nel depuratore di Alessandria.

Non si sono rilevate mutazioni specifiche per le sottovarianti Omicron BA.2.75 (Clade22D) e BA.3.

Il laboratorio di biologia molecolare di Arpa Piemonte continuerà a monitorare la situazione nelle prossime settimane.