Sequenziamento acque reflue: in tutti i depuratori piemontesi dominanza di Omicron BA.5

4 novembre 2022

Nella 43° settimana del 2022, relativa ai campionamenti del 24 ottobre scorso, si ha la dominanza della sottovariante di Omicron BA.5 (Clade 22B) in tutti i depuratori monitorati: Castiglione Torinese, Alessandria, Novara e Cuneo.

In merito alla sottovariante Omicron BA.5, si riscontrano in tutti i depuratori mutazioni univoche e specifiche appartenenti alla sottovariante BA.5.2.31.2 (CD.2) e mutazioni specifiche con bassa frequenza condivise tra le sottovarianti:

BA.5.3.1.1.1.1.1 (BQ.1), BQ.1.1, BQ.1.2, BQ.1.3 e BQ.1.4;
BA.5.2.1 (BF), BF.7 e BF.26;
BA.5.3.1 (BE) e BE.1.2.

Inoltre, a livello dei singoli depuratori si riscontrano le seguenti sottovarianti di BA.5:

nel depuratore di Castiglione Torinese si osserva la presenza di mutazioni specifiche e univoche con bassa frequenza appartenenti alle sottovarianti BA.5.1.5, BA.5.2.20.1 (BV.1), BA.5.2.26, BA.5.9, BA.5.2.1.5 (BF.5), BA.5.3.1.1.1.1.1.2 (BQ.1.2), BA.5.3.1.4.1 (BE.4.1);
nel depuratore di Alessandria sono state osservate mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alla sottovariante BA.5.2.1.7 (BF.7);
nel depuratore di Novara si rileva la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alle sottovarianti BA.5.2.1.5 (BF.5), BA.5.2.1.20 (BF.20), BA.5.2.6, BA.5.1.27 e BA.5.3.1.1.2.1 (BE.1.2.1);
nel depuratore di Cuneo si osservano mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza per le sottovarianti BA.5.1.5, BA.5.2.1.26 (BF.26), BA.5.2.32 e BA.5.2.3.1 (BZ.1).

In merito alla sottovariante di Omicron BA.4, sono state osservate mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alla sua sottovariante (Clade 22) BA.4.6.1 in tutti i depuratori analizzati.

Sono state poi identificate in tutti i depuratori mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza della sottovariante di Omicron BA.2.75 (Clade 22D) appartenenti alle sottovarianti BA.2.75.3.3 (BM.3) e BA.2.75.3.4 (BM.4) nel depuratore di Alessandria, BA.2.75.1.1.1 (BL.1.1) nel depuratore di Novara, BA.2.75.6.1 (BY.1) e BA.2.75.2.2 (CA.2) nel depuratore di Cuneo.

Inoltre, sono state identificate mutazioni specifiche e univoche con bassa frequenza delle sottovarianti di Omicron:

BA.2.13 e BA.2.21 in tutti i depuratori;
BA.2.25.1, BA.2.68, BA.2.80 nel depuratore di Novara;
BA.2.12.2, BA.2.3.20 e BA.2.38.2 nel depuratore di Cuneo;
BA.2.3.20 e BA.2.73 nel depuratore di Alessandria, dove è stata identificata anche la sottovariante di Omicron BA.1.17.2.

In quanto alle sottovarianti ricombinanti, è stata rilevata la presenza di mutazioni univoche e specifiche con bassa frequenza appartenenti alle seguenti:

XJ (ricombinante tra BA.1 e BA.2); e XAT (ricombinante tra BA.2.3.13 e BA.1) in tutti i depuratori;
XAC (ricombinante tra BA.2, BA.1 e BA.2) nei depuratori di Castiglione Torinese ed Alessandria;

XBC (ricombinante tra BA.2, B.1.617.2, BA.2 e B.1.617.2) nel depuratore di Novara.

Non si osservano mutazioni specifiche per le sottovarianti Omicron BA.3, BA.2.12.1 e BG (Clade 22C).