Sequenziamento acque reflue: in tutti i depuratori del Piemonte dominanza di Omicron BA.5

18 novembre 2022

Nella 45° settimana del 2022, relativa ai campionamenti del 9 novembre scorso, si ha la dominanza della sottovariante di Omicron BA.5 (Clade 22B) per tutti i depuratori monitorati.

In merito alla sottovariante Omicron BA.5, si riscontrano in tutti i depuratori mutazioni univoche e specifiche appartenenti alla sottovariante BA.5.3.1.1 (BE.1). Inoltre, sono state osservate mutazioni specifiche con frequenza in aumento condivise tra le sottovarianti: BA.5.3.1.1.1 (BE.1.1), BA.5.3.1.1.1.1 (BQ (Clade 22E)) e le sue discendenti e BA.5.3.1.1.1.2.1 (CC.1); BA.5.3.1.1.1.1.1 (BQ.1) e BA.5.3.1.1.1.1.1.1 (BQ.1.1); BA.5.3.1.1.1.1.1 (BQ.1) e le sue discendenti.

A livello dei singoli depuratori si riscontrano le seguenti sottovarianti di BA.5:

nel depuratore di Castiglione Torinese si osserva la presenza di mutazioni specifiche e univoche con bassa frequenza appartenenti alle sottovarianti BA.5.1.5, BA.5.2.1.11 (BF.11) e mutazioni condivise tra le sottovarianti BA.5.1.10 (BK) e BK.1;
nel depuratore di Alessandria sono state osservate mutazioni condivise tra le sottovarianti BA.5.1.10 (BK) e BK.1;
nel depuratore di Novara si rileva la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alle sottovarianti BA.5.3.1.1.1.1.1.3 (BQ.1.3), BA.5.3.1.1.2.1 (BE.1.2.1), BA.5.2.6, BA.5.2.8, BA.5.2.32 e BA.5.6.2.1 (BW.1);
nel depuratore di Cuneo si osservano mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza per le sottovarianti BA.5.1.5, BA.5.2.3.1 (BZ.1), BA.5.3.1.1.3 (BE.1.3), BA.5.9 e mutazioni condivise tra le sottovarianti BA.5.1.10 (BK) e BK.1.

In merito alla sottovariante di Omicron BA.4, sono state osservate mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alla sua sottovariante BA.4.8 nel depuratore di Novara e mutazioni condivise tra le sottovarianti BA.4.1 e BA.4.1.1 nel depuratore di Alessandria.

Sono state poi identificate in tutti i depuratori mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza della sottovariante di Omicron BA.2.75 (Clade 22D) appartenenti alla sottovariante BA.2.75.3.1.1 (BM.1.1).

Inoltre, sono state identificate mutazioni specifiche e univoche con bassa frequenza delle sottovarianti di Omicron BA.2:

BA.2.29 in tutti i depuratori;
BA.2.3.5 nel depuratore di Castiglione Torinese;
BA.2.83, BA.2.3.2.1.1 (BS.1.1) e BA.2.51 nel depuratore di Novara;
BA.2.3.5, BA.2.83 nel depuratore di Alessandria;
BA.2.3.5, BA.2.50 nel depuratore di Cuneo.

In tutti i depuratori monitorati poi sono state osservate mutazioni specifiche e univoche con bassa frequenza della sottovariante di Omicron BA.1.22 e, solo nel depuratore di Cuneo, di BA.1.10.

In quanto alle sottovarianti ricombinanti, è stata rilevata la presenza di mutazioni univoche e specifiche con bassa frequenza appartenenti alle seguenti:

XK (ricombinante tra BA.1 e BA.2) e XAW (ricombinante tra BA.2, AY.122) in tutti i depuratori;

XJ (ricombinante tra BA.1 e BA.2) nel depuratore di Cuneo;
XAT (ricombinante tra BA.2.3.13, BA.1) e XBC (ricombinante tra BA.2, B.1.617.2, BA.2, B.1.617.2) nel depuratore di Alessandria

Non si osservano mutazioni specifiche per le sottovarianti Omicron BA.3, BA.2.12.1 e BG (Clade 22C).