Sequenziamento acque reflue: in tutti i depuratori del Piemonte domina sempre la sottovariante Omicron BA.5

25 novembre 2022

Nella 46° settimana del 2022, relativa ai campionamenti del 14 novembre scorso, si ha la dominanza della sottovariante di Omicron BA.5 (Clade 22B) per tutti i depuratori monitorati.

Per quanto riguarda il depuratore di Cuneo, dall’analisi bioinformatica emerge che un terzo delle mutazioni utilizzate per identificare la sottovariante dominante appartiene alla sottovariante BA.5.3. Il laboratorio monitorerà l’evolversi della variante dominante nei prossimi campionamenti.

In merito alla sottovariante Omicron BA.5, si riscontrano in tutti i depuratori mutazioni univoche e specifiche appartenenti alla sottovariante BA.5.3.1.1 (BE.1). Inoltre, sono state osservate mutazioni specifiche con frequenza in aumento condivise tra le sottovarianti: BA.5.3.1.1.1 (BE.1.1), BA.5.3.1.1.1.1 (BQ) e le sue discendenti, BA.5.3.1.1.1.2.1 (CC.1), BA.5.3.1.1.1.1.1 (BQ.1 (Clade 22E)), BA.5.3.1.1.1.1.1.1 (BQ.1.1), BQ.1, BQ.1.4, BA.5.2.1 (BF), BF.7, BF.26.

A livello dei singoli depuratori si riscontrano le seguenti sottovarianti di BA.5:

nel depuratore di Castiglione Torinese si osserva la presenza di mutazioni specifiche e univoche con bassa frequenza appartenenti alle sottovarianti BA.5.1.5, BA.5.1.28 e mutazioni condivise tra le sottovarianti BA.5.1.10 (BK) e BK.1;
nel depuratore di Alessandria sono state osservate mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alle sottovarianti BA.5.1.5, BA5.1.24, BA.5.2.24, BA.5.2.5, BA.5.9, BA.5.2.1.9 (BF.9), mutazioni condivise tra le sottovarianti BA.5.1.10 (BK) e BK.1 e mutazioni condivise tra le sottovarianti BA.5.2.20 (BV), BV.1 e BV.2;
nel depuratore di Novara si rileva la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alle sottovarianti BA.5.2.6 e BA.5.3.1.1.1.1.1.3 (BQ.1.3) e, inoltre, mutazioni condivise tra le sottovarianti BA.5.2.6 E BA.5.2.14;
nel depuratore di Cuneo si osservano mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza per le sottovarianti BA.5.2.19, BA.5.5.2, BA.5.2.33.

In merito alla sottovariante di Omicron BA.4 e le sue sottovarianti (Clade 22A), sono state osservate mutazioni condivise tra le sottovarianti BA.4.1 e BA.4.1.1 nel depuratore di Alessandria.

Sono state poi identificate nel depuratore di Alessandria mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza della sottovariante di Omicron BA.2.75 (Clade 22D) appartenenti alle sottovarianti BA.2.75.4 (BR) e BA.2.75.4.2 (BR.2).

Inoltre, sono state identificate mutazioni specifiche e univoche con bassa frequenza delle sottovarianti di Omicron BA.2:

BA.2.50 nel depuratore di Castiglione Torinese;
mutazioni condivise tra le sottovarianti BA.2.10.2 e BA.2.78 nel depuratore di Novara;
BA.2.63, mutazioni condivise tra le sottovarianti BA.2.10.2 e BA.2.78 e mutazioni condivise tra le sottovarianti BA.2.3, BS.1 e BA.2.3.15 nel depuratore di Cuneo.

In quanto alle sottovarianti ricombinanti, è stata rilevata la presenza di mutazioni univoche e specifiche con bassa frequenza appartenenti alle seguenti:

XJ (ricombinante tra BA.1 e BA.2) e XAC (ricombinante tra BA.2, BA.1 e BA.2) nel depuratore di Cuneo;

XAT (ricombinante tra BA.2.3.13, BA.1) e XBC.1 (ricombinante tra BA.2, B.1.617.2, BA.2, B.1.617.2), XU (ricombinante tra BA.1, BA.2), XQ (ricombinante tra BA.1.1, BA.2) nel depuratore di Alessandria;

XAC (ricombinante tra BA.2, BA.1 e BA.2) nel depuratore di Castiglione Torinese;
XR (ricombinante tra BA.1.1, BA.2), XAC (ricombinante tra BA.2, BA.1 e BA.2) e mutazioni condivise tra le sottovarianti ricombianti XBB (Clade 22F) e XBB.1 nel depuratore di Novara.

Non si osservano mutazioni specifiche per le sottovarianti Omicron BA.1, BA.3, BA.2.12.1 e BG (Clade 22C).