Sequenziamento acque reflue: dominanza di Omicron BA.2, BQ.1.19 e BA.5

Nella terza e quarta settimana del 2023, relative ai campionamenti del 16 e 23 gennaio scorsi, si ha la dominanza di Omicron BA.2, BQ.1.19 e BA.5.

Nel dettaglio.

• Nella terza settimana si ha la dominanza della sottovariante di Omicron BA.2 (Clade 21L) nei depuratori di Alessandria e Novara. Nel depuratore di Castiglione Torinese, la variante dominante è BQ.1.19 (Clade 22E). Nel depuratore di Cuneo, la variante dominante è BA.5 (Clade 22B). 
• Nella quarta settimana si ha la dominanza della sottovariante di Omicron BA.2 (Clade 21L) nei depuratori di Alessandria e Novara, mentre nei depuratori di Castiglione Torinese e di Cuneo la variante dominante è BQ.1.19 (Clade 22E).  

Analizziamo insieme le due settimane separatamente.

Nella terza settimana in merito alla sottovariante di Omicron BA.5 si osserva in tutti i depuratori la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alla sottovariante BF.30.

Nel dettaglio:

• nel depuratore di Castiglione Torinese, la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alla sottovariante BQ.1.1.18  e mutazioni condivise tra le sottovarianti BQ.1.10 e BQ.1.10.1;  le sottovarianti BQ.1.1.1 e CZ.1; 
• nel depuratore di Cuneo, la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza per le sottovarianti CD.1, CR.1 e mutazioni condivise tra le sottovarianti BQ.1.10 e BQ.1.10.1; 
• nel depuratore di Novara, la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alle sottovarianti BA.5.1.6, BA.5.1.7, BW.1.1 e CP.2; 
• nel depuratore di Alessandria, la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alla sottovariante BW.1. 

 

In merito alla sottovariante di Omicron BA.4 si osserva nel depuratore di Castiglione Torinese, la presenza di mutazioni condivise tra le sottovarianti BA.4.6 e BA.4.6.2 e nel depuratore di Alessandria, la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alla sottovariante BA.4.6.1. 

 

Per quanto riguarda la sottovariante di Omicron BA.2 si osserva in tutti i depuratori la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alla sottovariante BS.1.1. 

Nel dettaglio, si osserva nel depuratore di: 

-Castiglione Torinese, la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alle sottovarianti CM.6.1, BA.2.50, CH.1.1.1, CH.2, CH.6.1, BM.5, BN.1.5 e mutazioni condivise tra le sottovarianti BM.4, BM.4.n, CH.1, CH.1. n, CH.2 e CH.3; 

-Cuneo, la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alle sottovarianti BA.2.27, BA.2.48, BA.2.50, BM.1.1.1 con frequenza in aumento, BM.5, BN.1.3.1 e mutazioni condivise tra le sottovarianti BN.1.3 e BN.1.3.1.1; 

- Novara, la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alle sottovarianti BA.2.3.21, BA.2.28, BA.2.73, CH.2 e BN.1.3.1 e mutazioni condivise tra:  le sottovarianti BM.4.1 e CH.1.1 cosiddetta Ortro e le sottovarianti BM.4, BM.4.n, CH.1, CH.1. n, CH.2 e CH.3 con frequenza in aumento; 

-  Alessandria la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alle sottovarianti BA.2.75.8, BM.5 e mutazioni condivise tra:  le sottovarianti BM.1, BM.1.1, BM.1.2 e  le sottovarianti BN.1.3 e BN.1.3.1.1. 

 

Per quanto riguarda le sottovarianti ricombinanti si osserva in tutti i depuratori la presenza di mutazioni specifiche ed univoche appartenenti alla sottovariante ricombinante XBB.1.5 cosiddetta Kraken con frequenza in aumento per quanto riguarda il depuratore di Alessandria. 

Nei depuratori di Castiglione Torinese e Novara si riscontra la presenza di mutazioni condivise tra le sottovarianti ricombinanti XBB e XBB.1. 

Non si osservano mutazioni specifiche ed univoche per le sottovarianti Omicron BA.1 e BA.3. 

 

Nella quarta settimana in merito alla sottovariante di Omicron BA.5 si osserva in tutti i depuratori la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alla sottovariante BF.30 e alla sottovariante CU. 

Nel dettaglio si osserva:

• nel depuratore di Castiglione Torinese, la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alla sottovariante CP.3; 
  
• nel depuratore di Cuneo, la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza per le sottovarianti BA.5, BF.29, BQ.1.1.2, BQ.1.10.1, BQ.1.15, BQ.1.25 e mutazioni condivise tra le sottovarianti BQ.1.10 e BQ.1.10.1; 
• nel depuratore di Novara, la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alle sottovarianti BF.7.13.1, CP.5, BQ.1.1.28 e mutazioni condivise tra le sottovarianti BQ.1.10 e BQ.1.10.1; 
• nel depuratore di Alessandria, la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alla sottovariante BA.5.2.11, BW.1.1, BQ.1.25 e mutazioni condivise tra le sottovarianti CG e CG.1. 

 

In merito alla sottovariante di Omicron BA.4 si osserva nel depuratore di Castiglione Torinese, la presenza di mutazioni condivise tra le sottovarianti BA.4 e BA.4.3. e nel depuratore di Novara, la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alla sottovariante BA.4.8. 

 

Per quanto riguarda la sottovariante di Omicron BA.2 si osserva in tutti i depuratori la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alla sottovariante CV.1 e mutazioni condivise tra le sottovarianti:  BR e BR.4; BM.4, BM.4.n, CH.1, CH.1. n, CH.2 e CH.3 con frequenza in aumento nei depuratori di Cuneo e di Novara (nel depuratore di Alessandria non si osserva la sottovariante CH.2).

Nel dettaglio, si è riscontrata nel depuratore di: 

-Castiglione Torinese, la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alle sottovarianti BA.2.50, CA.2, BM.5; 

-Cuneo, la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alle sottovarianti BA.2.3.8, BA.2.57, CH.1, BN.4 e mutazioni condivise tra le sottovarianti: BM.1.1.1 e CJ.1; BN.1.3 e BN.1.3.1; 

-Novara, la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alle sottovarianti BA.2.3.7, BA.2.38.1, BA.2.51, BA.2.57, BL.3, BM.2.3, CH.2; 

-Alessandria la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alle sottovarianti CA.1, BN.2.1 e mutazioni condivise tra BN.1.3 e BN.1.3.1.1.

Per la sottovariante di Omicron BA.1 si osserva in tutti i depuratori la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alla sottovariante BC.2.

Nelle sottovarianti ricombinanti  in tutti i depuratori vi è la presenza di mutazioni specifiche ed univoche appartenenti alla sottovariante ricombinante XBB.1.5 cosiddetta Kraken con frequenza in aumento per il depuratore di Alessandria. 

Nei depuratori di Castiglione Torinese, Cuneo e Novara si osserva la presenza di mutazioni condivise tra le sottovarianti ricombinanti XBB e XBB.1. 

Nel dettaglio, si osserva nel depuratore di: 

-Cuneo, la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alla sottovariante ricombinante XAY; 

-Novara, la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alla sottovariante ricombinante XAW e XBJ; 

-Alessandria, la presenza di mutazioni condivise tra le sottovarianti ricombinanti XBB.4 e XBB.5.

Non si vedono mutazioni specifiche ed univoche per la sottovariante Omicron BA.3.