Sequenziamento acque reflue: dominanza della sottovariante Omicron BE.1.1 in tre depuratori su quattro

16 dicembre 2022

Nella 49° settimana del 2022, relativa ai campionamenti del 5 dicembre scorso, si ha la dominanza della sottovariante di Omicron BE.1.1 (BA.5.3.1.1.1) (Clade 22B) nei depuratori di Alessandria, Castiglione Torinese e Cuneo. Nel depuratore di Novara, la variante dominante è BA.5 (Clade 22B). Dall’analisi bioinformatica emerge che sono presenti anche altre mutazioni con alta frequenza appartenenti alle sottovarianti di Omicron discendenti di BA.5.3 (BA.5.3.n) per tutti i depuratori.

In merito alla sottovariante Omicron BA.5, sono state osservate mutazioni specifiche per la sottovariante BA.5.2.1.30 (BF.30) in tutti i depuratori; inoltre, nel dettaglio si riscontrano le seguenti sottovarianti:

nel depuratore di Castiglione Torinese si osserva la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alle sottovarianti BA.5.1.11 e BQ.1.1.18 (BA.5.3.1.1.1.1.1.1.18);
nel depuratore di Alessandria sono state osservate mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alle sottovarianti BA.5.1.11, CL.1 (BA.5.1.29), BA.5.2.5, BQ.1.13 (BA.5.3.1.1.1.1.1.13), BQ.1.1.18 (BA.5.3.1.1.1.1.1.1.18), mutazioni condivise tra le sottovarianti BA.5.2.24 e CK.2.1.1 (BA.5.2.24.2.1.1) e tra le sottovarianti BA.5.1.29 e CL.1 (BA.5.1.29.1);
nel depuratore di Novara si rileva la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alle sottovarianti BA.5, BA.5.1.11 e BQ.1.15 (BA.5.3.1.1.1.1.1.15);
nel depuratore di Cuneo si osservano mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza per le sottovarianti BA.5.3.1 (BE.1), BQ.1.1.18 (BA.5.3.1.1.1.1.1.1.18) e BQ.1.10.1 (BA.5.3.1.1.10.1).

In merito alla sottovariante di Omicron BA.2, sono state osservate mutazioni specifiche a bassa frequenza per la sottovariante BS.1 (BA.2.3.2.1) in tutti i depuratori.

Inoltre, si rilevano mutazioni specifiche e univoche appartenenti alle seguenti sottovarianti:

BA.2.9.5, BA.2.50, BA.2.10.4 nel depuratore di Castiglione Torinese;
BA.2.50 e mutazioni condivise tra le sottovarianti CA.1, CA.7 (BA.2.75.2.n) nel depuratore di Cuneo;
BA.2.9.5 e mutazioni condivise tra le sottovarianti BM.4 (BA.2.75.3.4), CH.1 (BA.2.75.3.4.1.1.1) nel depuratore di Novara;
BA.2.9.5, BP.1 (BA.2.3.16), CM.6 (BA.2.3.20) nel depuratore di Alessandria.

In quanto alle sottovarianti ricombinanti, è stata rilevata la presenza di mutazioni univoche e specifiche con bassa frequenza appartenenti alla sottovariante XBB (ricombinante tra BJ.1 e BM.1.1.1) nei depuratori di Cuneo e Novara e XBB.4 (ricombinante tra BJ.1 e BM.1.1.1) e XAC (ricombinante tra BA.2, BA.1 e BA.2) nel depuratore di Alessandria.

Non si osservano mutazioni specifiche per le sottovarianti Omicron BA.1, BA.3, BA.4.