Sequenziamento acque reflue: dominanza della sottovariante Omicron BA.5

Nella 42° settimana del 2022, relativa ai campionamenti del 17 ottobre scorso, si ha la dominanza della sottovariante di Omicron BA.5 (Clade 22B) nei depuratori di Castiglione Torinese, Alessandria, Cuneo e Novara.

In merito alla sottovariante Omicron BA.5, si riscontrano mutazioni univoche e specifiche appartenenti ad essa ed alle sue sottovarianti e sotto-sotto varianti BA.5.2.1 (BF), BA.5.3, BA.5.3.1.1.1 (BE.1.1) e BA.5.3.1.1.1.1 (BE.1.1.1), in tutti i depuratori con frequenze differenti. 

Inoltre, a livello dei singoli depuratori si riscontrano le seguenti sottovarianti di BA.5: 

 -nel depuratore di Castiglione Torinese si osserva la presenza di mutazioni specifiche e univoche con bassa frequenza appartenenti alle sottovarianti BA.5.1.5, BA.5.2.20 (BV), BA.5.9, BA.5.2.1.14 (BF.14), BA.5.3.1.1.1.1.1 (BQ.1),BA.5.3.1.1.1.1.1.3 (BQ.1.3), BA.5.3.1.4.1 (BE.4.1);  

- nel depuratore di Cuneo si osservano mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza per le sottovarianti BA.5.2.1.5 (BF.5) e BA.5.3.1 (BE);    

- nel depuratore di Novara si rileva la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alle sottovarianti BA.5.1.17, BA.5.2.1.5 (BF.5), BA.5.2.1.14 (BF.14), BA.5.3.1.1.1.1.1 (BQ.1) e BA.5.10.1, inoltre sono state osservate mutazioni specifiche con bassa frequenza condivise tra le sottovarianti appartenenti alla famiglia della sottovariante BA.5.2.31 (CD);

- nel depuratore di Alessandria sono state osservate mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alle sottovarianti BA.5.1.7, BA.5.2.1.7 (BF.7), BA.5.2.1.13 (BF.13), BA.5.2.1.15 (BF.15), BA.5.2.14, BA.5.2.32, BA.5.6.2.1 (BW.1) e BA.5.10.1, inoltre  sono state osservate mutazioni specifiche con bassa frequenza condivise tra le sottovarianti appartenenti alla famiglia della sottovariante BA.5.3.1.1.1.1.1 (BQ.1). 

Per la sottovariante di Omicron BA.4, sono state osservate mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alle sue sottovarianti (Clade 22A): BA.4.1.2 ad Alessandria, BA.4.1.3 a Novara, BA.4.1.7 a Cuneo.

Sono state poi identificate mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza della sottovariante di Omicron BA.2.75 (Clade 22D) appartenenti alle sottovarianti BA.2.75.5.1 (BN.1) nel depuratore di Alessandria, BA.2.75.5.1 (BN.1) e BA.2.75.3.5 (BM.5) nel depuratore di Novara, BA.2.75.3.5 (BM.5) nel depuratore di Cuneo.

Inoltre, sono state identificate mutazioni specifiche con bassa frequenza:

- nel depuratore di Cuneo delle sottovarianti di Omicron BA.1.17.2 e BA.1.22 e nel depuratore di Castiglione Torinese della sottovariante BA.1.18;

- nel depuratore di Novara delle sottovarianti BA.2.80, BA.2.3.2.1.1 (BS.1.1), BA.2.62, BA.2.30 e BA.2.63 e nel depuratore di Alessandria delle sottovarianti BA.2.3.13 e BA.2.3.14.  

In quanto alle sottovarianti ricombinanti, è stata rilevata la presenza di mutazioni univoche e specifiche con bassa frequenza appartenenti alle seguenti: 

• XAL (ricombinante tra BA.1 e BA.2) nel depuratore di Castiglione Torinese;
  

• XAC (ricombinante tra BA.2, BA.1 e BA.2) nel depuratore di Novara; 
• XAW (ricombinante tra BA.2 e AY.122), XBC.1 (ricombinante tra BA.2, B.1.617.2, BA.2, e B.1.617.2), XD (ricombinante tra B.1.617.2 e BA.1) nel depuratore di Alessandria