Sequenziamento acque reflue: domina in 3 depuratori su 4 la sottovariante Omicron BE.1.1

2 dicembre 2022

Nella 47° settimana del 2022, relativa ai campionamenti del 21 novembre scorso, si ha la dominanza della sottovariante di Omicron BA.5 (Clade 22B) solo nel depuratore di Novara. Nei depuratori di Alessandria, Castiglione Torinese e Cuneo, la variante dominante risulta essere la sottovariante di Omicron BE.1.1 (BA.5.3.1.1.1). Per questi tre depuratori, dall’analisi bioinformatica emerge che sono presenti anche altre mutazioni con alta frequenza appartenenti alle sottovarianti di Omicron discendenti di BA.5.3 (BA.5.3.n.).

In merito alla sottovariante Omicron BA.5, si riscontrano le seguenti sottovarianti:

nel depuratore di Castiglione Torinese si osserva la presenza di mutazioni condivise tra le sottovarianti BQ.1.10 e BQ.1.10.1;
nel depuratore di Alessandria sono state osservate mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alle sottovarianti BA.5.9, BA.5.3.1.1.1.1.1.1.1 (BQ.1.1.1), BA.5.3.1.1.1.1.1.13 (BQ.1.13), BA.5.3.1.1.1.1.1.17 (BQ.1.17) e mutazioni condivise tra le sottovarianti BA.5.1.10 (BK) e BK.1.
nel depuratore di Novara si rileva la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alle sottovarianti BA.5.2.1.30 (BF.30) e BA.5.3.1.1.1.1.1.15 (BQ.1.15);
nel depuratore di Cuneo si osservano mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza per le sottovarianti BA.5.2.1.30 (BF.30), BA.5.3.1.1.1.1.1.12 (BQ.1.12), BA.5.3.1.1.1.1.1.14 (BQ.1.14), BA.5.3.1.1.1.1.1.18 (BQ.1.18), BA.5.3.4; inoltre, su riscontra la presenza di mutazioni condivise tra le sottovarianti BQ.1.10 e BQ.1.10.1.

In merito alla sottovariante di Omicron BA.2.75 e le sue sottovarianti (Clade 22D), sono state osservate nel depuratore di Novara mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza (Clade 22D) appartenenti alle sottovarianti BA.2.75.1.1.4 (BL.1.4) e alla sottovariante BA.2.75.2.6 (CA.6).

Inoltre, sono state identificate mutazioni specifiche e univoche con bassa frequenza delle sottovarianti di Omicron BA.2:

BA.2.50 nei depuratori di Castiglione Torinese e di Cuneo;
mutazioni condivise tra le sottovarianti BA.2.3.20, e le sue sotto-sottovarianti BA.2.3.20.1 (CM.1), CM.2, CM.3, CM.4, CM.5, CM.5.1 e CM.6 nei depuratori di Castiglione Torinese e di Novara.

Per le sottovarianti ricombinanti, è stata rilevata la presenza di mutazioni univoche e specifiche con bassa frequenza appartenenti alle seguenti:

XAC (ricombinante tra BA.2, BA.1 e BA.2) nel depuratore di Alessandria;

XAY (ricombinante tra AY.45 e BA.4/5*), XAD(ricombinante tra BA.2 e BA.1), XBB (Clade 22F, ricombinante tra BJ.1 e BM.1.1.1) nel depuratore di Novara.

Non si osservano mutazioni specifiche per le sottovarianti Omicron BA.1, BA.3, BA.4, BA.2.12.1 e BG (Clade 22C).