Sequenziamento acque reflue: a Cuneo dominanza della sottovariante Omicron BA.5.2, negli altri depuratori domina Omicron BA.5

11 novembre 2022

Nella 44° settimana del 2022, relativa ai campionamenti del 2 novembre scorso, si ha la dominanza della sottovariante di Omicron BA.5 (Clade 22B) per i depuratori di Castiglione Torinese, Alessandria, Novara, mentre nel depuratore di Cuneo la dominanze è della sottovariante BA.5.2.

In merito alla sottovariante Omicron BA.5, si riscontrano in tutti i depuratori mutazioni univoche e specifiche appartenenti alla sottovariante BA.5.2.1 (BF) e mutazioni specifiche con frequenza in aumento condivise tra le sottovarianti BA.5.3.1.1.1 (BE.1.1) e le sue discendenti BA.5.3.1.1.1.1 (BQ (Clade 22E)) e BA.5.3.1.1.1.2 (CC).

Inoltre, a livello dei singoli depuratori si riscontrano le seguenti sottovarianti di BA.5:

nel depuratore di Castiglione Torinese si osserva la presenza di mutazioni specifiche e univoche con bassa frequenza appartenenti alle sottovarianti BA.5.1.5, BA.5.1.28, BA.5.2.13, BA.5.2.24 e mutazioni condivise tra le sottovarianti BA.5.1.10 (BK) e BK.1;
nel depuratore di Alessandria sono state osservate mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alla sottovariante BA.5.1.23, BA.5.1.28, BA.5.2.6, BA.5.2.10, BA.5.2.20.2 (BV.2), BA.5.3.1.1.1.1 (BE.1.1.1), BA.5.6.2.1 (BW.1) e mutazioni condivise tra le sottovarianti BA.5.1.10 (BK) e BK.1 e BV, BV.1 e BV.2.
nel depuratore di Novara si rileva la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alle sottovarianti BA.5.2.1.21 (BF.21), BA.5.2.6, BA.5.2.29 e BA.5.6.2.1 (BW.1);
nel depuratore di Cuneo si osservano mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza per le sottovarianti BA.5.1.5, BA.5.1.7 e mutazioni condivise tra le sottovarianti BA.5.1.10 (BK) e BK.1.

In merito alla sottovariante di Omicron BA.4, sono state osservate mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alla sua sottovariante (Clade 22) BA.4.7 nel depuratore di Cuneo e mutazioni condivise tra le sottovarianti BA.4.1 e BA.4.1.1 nel depuratore di Alessandria.

Sono state poi identificate in tutti i depuratori mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza della sottovariante di Omicron BA.2.75 (Clade 22D) appartenenti alla sottovariante BA.2.75.3.4 (BM.4) e mutazioni condivise tra le sottovarianti BA.2.75.1 (BL) e BL.2 e BL.3 nel depuratore di Novara e della sottovariante BA.2.75.9 (CB) nel depuratore di Cuneo.

Inoltre, sono state identificate mutazioni specifiche e univoche con bassa frequenza delle sottovarianti di Omicron BA.2:

BA.2.21 e BA.2.25.1 nel depuratore di Castiglione Torinese;
BA.2.27, BA.2.37 e mutazioni condivise tra le sottovarianti BA.2.3.2.1 (BS.1) e BA.2.3.2.1.1 (BS.1.1) nel depuratore di Novara;
BA.2.10.4, BA.2.3.20, BA.2.55 nel depuratore di Cuneo.

Nel depuratore di Novara inoltre sono state osservate mutazioni specifiche e univoche con bassa frequenza della sottovariante di Omicron BA.1 e della sua sottovariante (Clade 21K) BA.1.1.

In quanto alle sottovarianti ricombinanti, è stata rilevata la presenza di mutazioni univoche e specifiche con bassa frequenza appartenenti alle seguenti:

XJ (ricombinante tra BA.1 e BA.2) nel depuratore di Cuneo;

XAW (ricombinante tra BA.2, AY.122) nel depuratore di Novara.

Non si osservano mutazioni specifiche per le sottovarianti Omicron BA.3, BA.2.12.1 e BG (Clade 22C).